Ce qu'il faut savoir
- Un fichier FNA est un fichier d'alignement de séquences d'ADN et de protéines au format FASTA.
- Ouvrez-en un avec Geneious.
- Convertir en FASTA et formats similaires avec ce même programme.
Cet article explique ce qu'est un fichier FNA, comment en ouvrir un et comment en enregistrer un dans un format différent comme FASTA, GB, VCF, images, etc.
Qu'est-ce qu'un fichier FNA ?
Un fichier avec l'extension de fichier FNA est un fichier d'alignement de séquences d'ADN et de protéines au format FASTA qui stocke des informations sur l'ADN pouvant être utilisées par un logiciel de biologie moléculaire.
Les fichiers FNA, en particulier, peuvent être utilisés pour contenir uniquement des informations sur les acides nucléiques tandis que d'autres formats FASTA contiennent d'autres informations liées à l'ADN, telles que celles avec FASTA, FAS, FA, FFN, FAA, FRN, MPFA, SEQ, NET ou AA.
Ces formats FASTA basés sur du texte sont à l'origine issus d'un progiciel du même nom, mais sont maintenant utilisés comme standard dans les applications d'alignement de séquences d'ADN et de protéines.
FNA fait également référence à certains termes technologiques qui n'ont rien à voir avec ce format de fichier, comme l'acceptation finale du réseau, la fonction d'augmentation du nom de fichier/attribut, l'architecture réseau Fujitsu et l'annonce rapide des voisins.
Comment ouvrir un fichier FNA
Ouvrez-en un sous Windows, macOS et Linux avec Geneious (c'est gratuit pendant 14 jours). Pour ce faire, accédez au menu File > Import et choisissez d'importer le fichier via le From Fileélément de menu.
Vous pourriez également être en mesure d'en ouvrir un avec BLAST Ring Image Generator (BRIG).
Essayez Notepad++ ou un autre éditeur de texte si ces idées ne fonctionnent pas. Le fichier peut en effet être basé sur du texte et simple à lire, ou vous pouvez constater qu'il n'a rien à voir avec le format FASTA, auquel cas l'ouverture du fichier en tant que document texte peut révéler un texte qui identifie ce qui a été utilisé pour créer le fichier ou dans quel format le fichier est.
Comment convertir un fichier FNA
Nous ne pouvons pas vérifier cela car nous ne l'avons pas essayé, mais vous devriez pouvoir utiliser Geneious pour convertir le fichier dans de nombreux autres formats, tels que FASTA, GB, GENEIOUS, MEG, ACE, CSV, NEX, PHY, SAM, TSV et VCF. Cela peut être fait via le menu File > Export du programme.
Ce même programme devrait également pouvoir enregistrer le fichier au format PNG, JPG, EPS ou PDF, via File > Save As Image File.
Bien que vous ne puissiez normalement pas simplement renommer l'extension d'un fichier en quelque chose d'autre et vous attendre à ce qu'il fonctionne de la même manière, vous pouvez renommer un fichier. FNA en fichier. FA si votre logiciel de séquençage d'ADN ne reconnaît que le format FA.
Au lieu de renommer les extensions de fichiers, vous voudrez utiliser un convertisseur de fichiers gratuit pour convertir d'autres types de fichiers. Dans le cas des fichiers FNA et FA, il se trouve que certains programmes n'ouvriront que les fichiers portant l'extension de fichier FA, auquel cas le renommer devrait fonctionner correctement.
Vous ne pouvez toujours pas l'ouvrir ?
Si après avoir utilisé les programmes ci-dessus, vous ne parvenez toujours pas à ouvrir votre fichier, vous constaterez peut-être que l'extension de fichier ne lit pas réellement. FNA mais plutôt quelque chose qui ressemble à ça.
Par exemple, les fichiers FNG (Font Navigator Group) ressemblent énormément à ". FNA" mais si vous regardez attentivement, seules les deux premières lettres sont identiques. Étant donné que les extensions de fichier sont différentes, cela indique qu'elles sont d'un format de fichier différent et ne fonctionneront probablement pas avec les mêmes programmes.
La même chose pourrait être dite pour de nombreuses autres extensions de fichiers comme FAX, FAS (Compiled Fast-Load AutoLISP), FAT, FNTA (Aleph One Font), FNC (Vue Functions) et FND (Windows Saved Search).
L'idée ici est de s'assurer que l'extension de fichier lit. FNA. Si c'est le cas, essayez à nouveau d'utiliser les programmes ci-dessus pour l'ouvrir ou le convertir. Si vous avez un autre type de fichier, recherchez son extension pour savoir quelles applications sont nécessaires pour l'ouvrir ou le convertir.
FAQ
Comment ouvrir un fichier FNA en Python ?
Tout d'abord, convertissez le fichier FNA au format FASTA à l'aide d'une application tierce telle que Geneious. Ensuite, vous pouvez télécharger Biopython, un ensemble d'outils disponibles gratuitement pour le calcul biologique pour le travail en bioinformatique. Enfin, reportez-vous au didacticiel et au livre de recettes Biopython pour obtenir des instructions sur l'utilisation des fichiers FASTA.
Comment puis-je trouver mes numéros de fabricant FNA sur un fichier brut Ancestry ?
Vous pouvez télécharger la plupart des données ADN d'Ancestry.com au format.txt. Cependant, seuls les clients dont l'ADN a été analysé avec le séquençage de nouvelle génération (NGS) ont la possibilité de télécharger un fichier VCF. Pour télécharger un fichier VCF, vous devez être le propriétaire de l'ADN, faire tester l'ADN à l'aide de la technologie NGS et disposer d'au moins 350 Mo d'espace disponible sur votre appareil.
