Ce qu'il faut savoir
- Certains fichiers PDB sont des fichiers de base de données de programmes.
- Ouvrez-en un avec un éditeur de texte ou un programme comme Geneious.
- Convertir dans un autre format avec le même programme qui ouvre votre fichier de base de données spécifique.
Cet article explique ce qu'est un fichier PDB, comment en ouvrir un et comment en convertir un dans un format différent.
Qu'est-ce qu'un fichier PDB ?
Un fichier avec l'extension de fichier PDB est très probablement un fichier de base de données de programme utilisé pour contenir des informations de débogage sur un programme ou un module, comme un fichier DLL ou EXE. Ils sont parfois appelés fichiers de symboles.
Le fichier associe divers composants et instructions du code source à son produit compilé final, que le débogueur peut ensuite utiliser pour trouver le fichier source et l'emplacement dans l'exécutable auquel il doit arrêter le processus de débogage.
Certains fichiers PDB peuvent être au format de fichier Protein Data Bank. Ce sont des fichiers en texte brut qui stockent les coordonnées concernant les structures protéiques.
D'autres fichiers PDB peuvent être créés au format de fichier Palm Database ou PalmDOC et utilisés avec le système d'exploitation mobile PalmOS; certains fichiers dans ce format utilisent à la place l'extension de fichier. PRC. Un autre format qui utilise cette même extension est Tanida Demo Builder.
Comment ouvrir un fichier PDB
Différents programmes utilisent leur propre fichier PDB pour stocker les données dans une sorte de format de base de données structuré, de sorte que chaque application est utilisée pour ouvrir son propre type.
Geneious, Quicken, Visual Studio et Pegasus ne sont que quelques exemples de programmes pouvant utiliser le fichier comme fichier de base de données. Radare et PDBparse peuvent également fonctionner.
Certains fichiers PDB sont stockés en texte brut, comme les fichiers de la base de données de débogage du programme de Geneious, et sont entièrement lisibles par l'homme s'ils sont ouverts dans un éditeur de texte. Vous pouvez ouvrir ce type de fichier PDB avec n'importe quel programme capable de lire des documents texte, comme le programme Bloc-notes intégré à Windows. Certains autres visualiseurs et éditeurs compatibles incluent Notepad ++ et Brackets.
Les autres fichiers PDB ne sont pas des documents texte et ne sont utiles que lorsqu'ils sont ouverts avec le programme auquel ils sont destinés. Par exemple, si le vôtre est lié d'une manière ou d'une autre à Quicken, essayez d'utiliser ce logiciel pour le visualiser ou le modifier. Visual Studio s'attend à voir un fichier PDB dans le même dossier que le fichier DLL ou EXE.
Vous pouvez afficher et modifier les fichiers de la banque de données de protéines sous Windows, Linux et macOS avec Avogadro. Ces programmes peuvent également ouvrir le fichier: Jmol, RasMol, QuickPDB et USCF Chimera. Comme il s'agit de texte brut, vous pouvez également en ouvrir un dans un éditeur de texte.
Palm Desktop devrait pouvoir ouvrir ce fichier s'il est au format de fichier Palm Database, mais vous devrez peut-être d'abord le renommer pour que l'extension de fichier PRC soit reconnue par ce programme. Calibre est une autre option.
Pour ouvrir un fichier PalmDOC PDB, essayez STDU Viewer.
Tanida Demo Builder ouvre les fichiers dans ce format.
Comment convertir un fichier PDB
Les fichiers de la base de données du programme ne peuvent probablement pas être convertis dans un format de fichier différent, du moins pas avec un outil de conversion de fichiers standard. Au lieu de cela, s'il existe une application capable de convertir ce type de fichier, ce serait le même programme qui pourrait l'ouvrir.
Par exemple, si vous devez convertir votre fichier de base de données à partir de Quicken, essayez d'utiliser ce programme pour le faire. Cependant, ce type de conversion est probablement non seulement peu utile, mais également non pris en charge dans ces applications de base de données (c'est-à-dire que vous n'avez probablement pas besoin de convertir ce type de fichier PDB dans un autre format).
Les fichiers de la banque de données protéiques peuvent être convertis dans d'autres formats avec MeshLab. Pour ce faire, vous devrez peut-être d'abord le convertir en WRL avec PyMOL à partir du File > Save Image As > VRML , puis importez le fichier WRL dans MeshLab et utilisez le menu File > Export Mesh As pour finalement convertir le fichier PDB en STL ou un autre format de fichier.
Si vous n'avez pas besoin que le modèle soit en couleur, vous pouvez exporter le fichier directement en STL avec USCF Chimera (le lien de téléchargement est ci-dessus). Sinon, vous pouvez utiliser la même méthode que ci-dessus (avec MeshLab) pour convertir PDB en WRL avec USCF Chimera, puis exporter WRL en STL avec MeshLab.
Convertir PDB en PDF ou EPUB, si vous avez un fichier PalmDOC, est possible de plusieurs façons, mais la plus simple est probablement d'utiliser un convertisseur en ligne comme Zamzar. Vous pouvez télécharger votre fichier sur ce site Web pour avoir la possibilité de le convertir dans ces formats ainsi qu'en AZW3, FB2, MOBI, PML, PRC, TXT et d'autres formats de fichier eBook.
Pour en convertir un au format FASTA, vous pouvez utiliser le convertisseur PDB en FASTA en ligne de Meiler Lab.
Il est également possible d'enregistrer ce fichier au format CIF (Crystallographic Information format) en ligne en utilisant PDBx/mmCIF.
Vous ne pouvez toujours pas l'ouvrir ?
Les fichiers qui ne s'ouvrent avec aucun des outils ci-dessus ne sont probablement pas réellement des fichiers PDB. Ce qui peut arriver, c'est que vous interprétez mal l'extension de fichier; certains formats utilisent un suffixe qui ressemble beaucoup à PDB, alors qu'ils ne sont vraiment pas liés et ne fonctionnent pas de la même manière.
Par exemple, un fichier PDF est un fichier de document, mais la plupart des programmes ci-dessus ne restitueront pas correctement le texte et/ou les images si vous essayez d'en ouvrir un avec ces logiciels. Il en va de même pour les autres fichiers avec des extensions de fichier orthographiées de la même manière, comme les fichiers DBF, DB, ADP, PD, PDE, PDC, PDO et WPD.
PBD est un autre qui appartient au programme EaseUS Todo Backup et n'est donc utile que lorsqu'il est ouvert avec ce logiciel.
Si vous n'avez pas de fichier PDB, recherchez l'extension de fichier que votre fichier possède afin de trouver le programme approprié qui l'ouvre ou le convertit.
Lecture avancée sur les fichiers PDB
Vous pouvez en savoir plus sur les fichiers de base de données de programme de GitHub et Wintellect.
Il y a aussi plus à apprendre sur les fichiers de la banque de données sur les protéines; voir Worldwide Protein Data Bank et RCSB PDB.
Foire aux questions
- Comment résoudre le problème lorsque Visual Studio ne parvient pas à trouver ou à ouvrir les fichiers PDB ? Si vous voyez un message indiquant que Visual Studio ne peut pas trouver ou ouvrir le fichier PDB, essayez à l'aide de l'outil de débogage de Visual Studio. Accédez à Tools > Options > Debugging > Symbols et sélectionnez Serveurs de symboles Microsoft
- Comment ouvrir un fichier PDB sur Android ? Pour ouvrir un fichier PDB sur Android, utilisez un lecteur de fichiers tiers. Téléchargez l'application Cool Reader ou tout autre lecteur compatible avec les fichiers PDB sur Google Play.
